В 1947 году был создан военный трибунал  Главной базы Военно-морского Флота - войсковая часть 78349.

В 1954 году он был переименован в военный трибунал Балтийского гарнизона.

В 1992 году в соответствии с Законом РФ № 2708-1 от 21.04.1992 года военный трибунал Балтийского гарнизона переименован в военный суд Балтийского гарнизона.

В 1999 году во исполнение приказа Председателя Верховного Суда РФ № 435-КД от 09.12.1999 года военный суд Балтийского гарнизона был переименован в Балтийский гарнизонный военный суд.

В 2004 году суд переехал в новое здание по улице Садовой, дом 55 и занимает весь второй этаж.