В соответствии с пунктом 31 статьи 1 Федерального закона от 29.12.2020 года № 466-ФЗ "О территориальной юрисдикции гарнизонных военных судов", юрисдикция Балтийского гарнизонного военного суда распространяется на воинские части, учреждения Вооруженных Сил Российской Федерации, другие войска, воинские формирования и органы, дислоцируемые - на территориях городов Ладушкина, Мамоново, Пионерского и Светлого, поселка городского типа Янтарный, Багратионовского, Балтийского, Гвардейского, Гурьевского, Зеленоградского, Правдинского и Светлогорского административных районов Калининградской области.